一通り作業ができるようになったので紹介したいと思います。
metashapeによる画像解析でオルソ画像を作成しました。
これは3Dモデルの段階です。細かいところまで割ときれいにできています。
これはオルソ画像に変換したものです。
このオルソ画像をCADの図面に重ねることで真上から見た歪みのない重ね図が完成します。うまくいけば5センチくらいの誤差で重なると思います。

これを使えばおおよその現況をCADで拾えるようになります。 上から見ることで位置関係もわかりやすいです。
ただし、上空視界が開けていることが前提です。枝葉があるとその下はモデリングできませんので。